Organem prowadzącym Zespół Szkół Specjalnych w Samodzielnym Zespole Publicznych Zakładów Opieki Zdrowotnej im. Dzieci Warszawy w Dziekanowie Leśnym jest Samorząd Województwa Mazowieckiego w Warszawie.
Nadzór pedagogiczny sprawuje Mazowiecki Kurator Oświaty.